燃料電池十分復雜，涉及化學熱力學、電化學、電催化、材料科學、電力系統及自動控制等學科的有關理論，具有發電效率高、環境污染少等優點。總的來說，燃料電池具有以下特點：
(1)能量轉化效率高他直接將燃料的化學能轉化為電能，中間不經過燃燒過程，因而不受卡諾循環的限制。目前燃料電池系統的燃料—電能轉換效率在45%～60%，而火力發電和核電的效率大約在30%～40%.
(2)有害氣體SOx、NOx及噪音排放都很低CO2排放因能量轉換效率高而大幅度降低，無機械振動。
(3)燃料適用范圍廣：燃料電池既可適用于城市大型發電站，也可作為醫院、商店、集體宿舍、邊遠山區的小型發電裝置，以及日常和國防用于行走機械的動力系統。燃料電池的開發時今后電氣新能暈應用的重大方向，它的研制具有重大的社會意義和經濟意義。
(4)積木化強規模及安裝地點靈活，燃料電池電站占地面積小，建設周期短，電站功率可根據需要由電池堆組裝，十分方便。燃料電池無論作為集中電站還是分布式電，或是作為小區、工廠、大型建筑的獨立電站都非常合適(5)負荷響應快，運行質量高燃料電池在數秒鐘內就可以從最低功率變換到額定功率，而且電廠離負荷可以很近，從而改善了地區頻燃料電池原理率偏移和電壓波動，降低了現有變電設備和電流載波容量，減少了輸變線路投資和線路損失。
(6)環境保護性：通過燃料電池系統釋放出的污染物比直接燃燒要降低幾個數量級，可有效的保護環境。
(7)模塊設計，結構緊湊：設備可以模塊化，尺寸靈活性大，發電量易于調節。
(8)位置靈活性：燃料電池是一種獨立的發電體系，由于沒有運動部件，所以可以沒有噪聲污染，可以方便使用，隨意放置，不受周圍環境限制。
(9)可以采用多種燃料：高溫操作型燃料電池不需要外部還原系統，在這一方面更具有優勢。
